En la instancia judicial que preside el profesional del ramo penal, se tramita el caso Bancafé y el proceso contra la supuesta estructura de robo de carros que operó en El Salvador y Guatemala, en donde se involucra a personal de la SAT entre otros. Se dijo que Villatoro pretende una magistratura de la Corte Suprema. 

Juez Walter Villatoro quien el pasado mes de agosto cumplió dos años de estar a cargo del Juzgado Décimo Penal, dejará fungir como magistrado vocal I de la Sala de Apelaciones Mixta del departamento de San Marcos. 

Pero dio a conocer que regresará de San Marcos en octubre del 2014, para postularse como integrante de la próxima magistratura de la Corte Suprema de Justicia (CSJ), o para ocupar un cargo como magistrado de Salas de Apelaciones. 
A Walter se le recuerda por los casos polémicos que le ha tocado manejar tal es el caso del proceso penal contra 14 ex directivos y ex trabajadores de Bancafé, por la estafa que afectó a 3 mil 336 cuentahabientes de la desaparecida entidad bancaria; además del expediente del caso por supuesta corrupción en las municipalidades de Chinautla, San José Pinula y Villa Canales.
Fue parte del Tribunal que en julio del 2010 condenó a 9 personas por el asesinato del abogado Rodrigo Rosenberg.
Y como el de la desaparición de Cristina Siekavizza, donde es procesada Ofelia de León, ex presidenta de la Corte Suprema de Justicia