En enero de 2013, el Presidente de la República Otto Pérez Molina anunció el cierre de Fonapaz, justificó que la institución era un foco de corrupción ya enraizado. Además se denunció una red que beneficiaba a empresas para ganar jugosas comisiones.

El fondo se encuentra en proceso de liquidación y según el acuerdo 11-2014 el proceso de cese se ampliará todo este año y la Comisión Liquidadora deberá realizar las gestiones presupuestarias ante el Ministerio de Finanzas para que se les gire los recursos necesarios para seguir funcionando administrativamente. La última información que dio el director de la comisión Héctor Valdés, se necesitan Q66 millones para seguir funcionando.
La ampliación del plazo se basa en una evaluación y diagnostico de la liquidación donde están pendientes varios procesos administrativos y judiciales, procesos administrativos incompletos dentro de los convenios institucionales, falta de regulación de los fideicomisos de segundo grado, falta de registro presupuestario y financiero en los programas de cooperación internacional, así como proyectos y fideicomisos que hay que trasladar al Ministerio de Desarrollo (Mides).
Dentro de las funciones de la comisión se establece determinar el estado físico, financiero, presupuestario, administrativo legal u otro de los programas de cooperación externa.
Así mismo se autoriza a la comisión realizar las contrataciones de personal que sean necesarias para concluir las operaciones del fondo.